Sebagai probiotik, mikroorganisme Kefir seperti Lactobacilus kefiri, Bulgaricus, Leuconostoc, Lactococcus dan Acetobakter mampu bertahan hidup (sampai usus kita) karena ter-enkapsulate oleh lapisan susu. Proses fermentasi nutrisi susu dan bakteri kefir, terjadi perubahan biokimia dari substrat akibat aktivitas bakteri asam laktat heterofermentasi.